C 1995 года в РЭШ при поддержке Фонда Форда функционирует научно-исследовательский центр. Целью его создания является сотрудничество российских и западных экономистов в изучении различных аспектов экономик переходного периода. Активное участие студентов второго курса в исследовательских проектах позволяет уже в процессе обучения в РЭШ приобрести опыт исследовательской работы.

За период с 1995 по 2011 годы Центром было выполнено около 200 исследовательских проектов по всем направлениям экономической науки. В 2011 - 2012 учебном году проводится научно-исследовательская работа по 9 проектам.

Как правило, рабочая группа проекта состоит из 3-8 студентов, российского и зарубежного руководителей и ассистента. Еженедельные научные семинары рабочих групп дают студентам уникальную возможность ознакомиться с последними научными статьями и разработками, новыми идеями, фактами и методами. За время существования центра более 500 студентов подготовили дипломные работы в рамках исследовательских проектов.

Два раза в год, осенью и весной, Центр проводит международные конференции, привлекая широкую аудиторию к обсуждению результатов исследований. На Весенней конференции основными докладчиками являются студенты.

С 1998 года РЭШ публикует три серии научных трудов. Первая серия представляет результаты научных исследований, выполненных руководителями проектов и профессорами РЭШ, вторая - лучшие дипломные работы студентови и третья - это методические пособия и курсы лекций. К настоящему времени опубликовано 92 студенческих работ; 79 статей преподавателей и 18 учебно-методических пособий на русском и/или английском языках.